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鳥類是濕地狩獵的主要對象。過度獵捕、撿拾鳥蛋是導致水禽種群數量下降主要原因。棲息地的破壞，對水禽的繁殖和越冬的影響尤為重要。以三江平原濕地區國家一級保護動物東方白鸛為例，在20 世紀70 年代以前約500 ～ 900 只，隨著三江平原沼澤地開發和過度狩獵水鳥，至20 世紀末僅有40 ～ 60 只（圖1）。

圖1 30年來三江平原東方白鶴數量變化

青海湖湖區人口比1949 年增加了4 倍，環湖區開墾面積達20 萬hm2 左右，脊椎動物減少了34 種，鵜鶘自70 年代就已絕跡，鸕鶿在60 年代有7500 只，現在約有4000 只，斑頭雁僅10 年就減少1200 只。

洞庭湖魚類的天然捕撈量已由20 世紀50 年代的3070萬kg，降至80 年代的1500 萬kg；魚類的種數也從114 種減少到80 種。另外，江湖阻隔使原有的海水—淡水湖洄游的珍貴魚類（除鰻等少數種類外）幾乎瀕臨絕跡。三江平原區原有“棒打狍子瓢舀魚”的民諺，魚類資源豐富。隨著過度捕撈、捕殺親魚和酷捕幼魚，加上水域污染，中小河流的魚類資源較30 年前減少了70% 以上，許多河段已無魚可捕。

紅樹林區是魚、蝦、蟹、貝類棲息繁殖的重要場所。海南島水產研究所曲口試驗場，1963 年紅樹林較多，年產魚蝦約3 萬kg，1969 年紅樹林被砍光后，年產魚蝦僅有2000 kg（宋曉軍等，1998）。

外來物種入侵導致了濕地物種多樣性喪失。據統計全國已知入侵濕地的外來水生和濕生植物約10 種，如瘋長成災的鳳眼蓮（水葫蘆）和迅速蔓延的大米草被認為是全國最具威脅的外來物種；濕地中外來入侵動物還有53 種（王虹揚，2006）。