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濕地污染是濕地退化重要標志，也是中國濕地面臨的最嚴重威脅之一。工業廢水和生活污水排放，以及農業面源污染使許多河湖（如巢湖、滇池、太湖等）濕地及沿海水域水質惡化，加速某些濕地水體富營養化和寄生蟲的流行，生物多樣性受到嚴重危害。

我國的主要湖泊中有52% 以上受到不同程度污染，主要污染物是CODMn、酚、氨氮等。同時湖泊普遍受到氮、磷等營養物質的污染，富營養化程度嚴重，75％的天然和人工湖泊出現富營養化；其中10% 的
湖泊達到嚴重的富營養化程度（王蘇民等，1998）。

我國江河水質污染主要為耗氧有機物。1999 年全國工業和城市生活廢水排放總量401 億噸。據對遼河、海河、黃河、淮河、長江、珠江、松花江等水系監測，有63.1% 的河段水體遭到污染。長江接納污水量最大，平均每日接納廢污水量達3569萬噸（ 沈茂成，2000）。2005 年，長江、黃河、珠江、松花江、淮河、海河和遼河等七大水系的411個地表水監測斷面中，Ⅰ～Ⅲ類、Ⅳ～Ⅴ類和劣Ⅴ類水質的斷面比例分別為41％、32％
和27％。其中，珠江、長江水質較好，遼河、淮河、黃河、松花江水質較差，海河污染嚴重。主要污染指標為氨氮、五日生化需氧量、高錳酸鹽指數和石油類。低于Ⅳ類水質的水，由于水中有害
物質含量已高出有關規定的指標，影響人體健康，不能作為飲用水，也不能作為漁業用水。

海岸帶濕地水質和底質污染主要是由陸源污染物引起的。沿海10 個省（自治區、直轄市）每年排入海中污染物總量657 萬噸（國家海洋局，1996）。其中以有機污染物為主，占93.51%，其次是石油類、重金屬、有機氯農藥等。海岸帶污染引起赤潮發生頻繁、生物資源質量下降、局部灘涂成了死灘（楊積武，2001）。